净宗十三祖，是经宋元明的逐渐推选而形成的。

净宗立祖之说始于宋代，南宋宗晓法师（1151一1214年）立莲社六祖（未立宗）。以慧远为莲社始祖，善导、法照、少康、省常、宗赜(zé)五人继之。云：“莲社之立，既以远公为始祖……继此道者乃有五师，一曰善导师，二曰法照师，三曰少康师，四曰省常师、五曰宗赜(zé)师、是五师者，莫不仰体佛慈，大启度门，异世同辙，皆众良导。”

净宗初祖庐山东林慧远大师、净宗二祖长安光明善导大师、净宗三祖南岳般舟承远大师、净宗四祖五台竹林法照大师、净宗五祖新定乌龙少康大师、净宗六祖杭州永明延寿大师、净宗七祖杭州昭庆省常大师、净宗八祖杭州云栖莲池大师、净宗九祖北天目灵峰蕅益大师、净宗十祖虞山普仁截流大师、净宗十一祖杭州梵天省庵大师、净宗十二祖红螺资福彻悟大师、净宗十三祖苏州灵岩印光大师。

宋代的志磐法师在《佛祖统记》中，除专叙天台宗以外，兼及禅宗、华严、法相、密宗、律宗五宗。净土不立宗而以慧远、善导、承远、法照、少康、延寿、省常为莲社七祖。宗晓、志磐（pán）同是天台宗的学者，宗晓立莲社六祖，志磐立七祖（志磐在宗晓的排名基础上，略有删增，删除宗赜，增加承远与永明延寿，后人排列大致依志磐所述），这种排名只是为净土教提供师法楷模而已。当时还没有净土宗的称谓。

元朝东林寺普度法师，因为当时白莲教假借佛教别有作用，于是撰（zhuàn）《莲宗宝鉴》十卷，又著《庐山复教集》一卷，而自称白莲宗，但是却无定祖之说，仅在他的奏文上叙及宋高宗时子元禅师提倡念佛，撰有白莲忏法，并入内庭讲念佛大旨。自此以后，净土宗这个名称才得以通行，而定祖之说尚未确定。

到了清朝中叶，才将宗晓、志磐的莲社七祖和净土宗的名称相提并论，增加了明代的莲池大师为八祖。清道光间，悟开法师增推蕅益大师为九祖，省庵大师为十祖，彻悟大师为十一祖。民国年间，印光大师又改推截流大师为十祖，省庵大师、彻悟大师递降为十一祖、十二祖。印光大师往生后，四众弟子加推其为十三祖。这样，净宗十三祖的谱系方告圆成。