《起信论》显示大乘正义，提出一心二门理论：

显示正义者，依一心有二种门。云何为二？一者，心真如门，二者，心生灭门；是二种门，皆各总摄一切法。此义云何？所以二门不相离故【《大乘起信论》，《大正藏》卷三二，576a。】。

《起信论》所提示的心是超越的真常心，此真常心是一切法的依止。因为死活流转及清净无漏的一切法都是依止于如来藏自性清净心，所以由如来藏自性清净心开出二门：一、生灭门，指死活流转的现象，有生有灭，刹那变更；二、真如门，即开出清净法界门。

所谓心真如，就是心性的不生不灭。从不生不灭义来说，就是真如义；从诸法理性说，一切法平等，超越言说、文字、心缘的境界，这是与唯识、中观的说法相一致的；然则，《起信论》把不生不灭的真如法性说成众生的心性，这是与唯识、中观不合的地方。所以，真如不再仅是一切法的法性理体，而且是蕴含着无边潜能的心性动力。所以，一切法的差别相、境界相、名字相、言说相、心缘相等等，都是由妄念而生起。妄念不是真心自己，是后天的、经验的、心理学的，由妄念而生的差别相本质上等于虚妄不实的。因为真如心是心与法性的不离统一，所以具有二义：

此真如者，依言说分别，有二种义。云何为二？一者、如实空，以能究竟显实故；二者、如实不空，以有自体具足无漏性功德故【《大乘起信论》，《大正藏》卷三二，576a。】。

《起信论》将真如理解为空与不空，是依《胜鬘经》的空如来藏和不空如来藏而来。真如心从真如法性方面说，是如实空，即空妄念而显一心之实；从心方面来说，是如实不空，指众生真如心中本具真常无漏功德的清净法。

《起信论》是彻底的唯心论，依众生心建立死活流转与解脱还灭，一切以心为本。在心真如门中，举真心为根本；心生灭门中，举生灭心--阿梨耶识为根本，展开现实人生万象。所以说：心生灭者，依如来藏故有生灭心，所谓不生不灭与生灭和合，非一非异，名阿梨耶识。【同上书，576b。】

这里的生灭心不只是从刹那生灭而说，而且是从缘起的流转与还灭而说。所以，心生灭为本的生灭门中，含摄有清净与杂染，随染与随净的两面。我们的真心其自性本来清净的（不生不灭），为什么又有染污法（生灭）呢？这完全是因为无明的插入，即所谓的无明风动。无明是无根的，亦没有一实体，它只是我们于溘然一念不觉时所出现出来的一种昏觉相。所以，生灭心念不离真心，等于凭依真心而起，但其直接原由却是无明。真心只是其凭依因，并非其生原由。心念凭依真心而起，即示不只净法统于心，即一切染法亦统于一心。只是染法是间接地统，净法是直接地统，所谓称性功德也。称性即响应心性而起之功德。间接地统只是凭依义，虽不离，而实不响应【牟宗三：《心体与性体》（上册），500～501页。】。所以，称为不生不灭与生灭和合，非一非异。

《起信论》对于心生灭门之各种相状所进行的实存的现象学分析，决不能视如日常心理活动事实的一种纯客观性观察与记述，而是有意唤起众生的心性，使其能从死活流转的非本然性状态（不觉）实存地自我觉醒（始觉）之后，复归本然心源（本觉）的一种引诱或启蒙工作。在这过程中，起着贯穿与统一感化的是阿梨耶识，所以阿梨耶识便具有觉与不觉二义。这是从阿梨耶识所凭依之心真如体而言觉，从因为无明而起生灭心念而说不觉。所以，《起信论》说：依本觉故而有不觉，依不觉故说有始觉【《大乘起信论》，《大正藏》卷三二，576b。】。始觉是说明从死活到成佛、从迷到悟而说的次序递次。本觉与始觉，相依相待而有；依于当下显得本觉的不觉（说到不觉，即意味着觉性的本在），到转去不觉而显现真觉，即名此觉为始觉。始觉在本质的意义上同于本觉，只差有圆满不圆满、究竟不究竟而已。及其究极圆满，完全离念，直真心源，洞悟生之无生，那就是本觉全体朗现，即心真如体全体朗现。所以，《起信论》一心二门思维模式的展开，首先从本体论上确立一心为大乘法体，一心有二个属性--心真如和心生灭，两者不相舍离，统一中有抵触，而抵触中又有统一。真如心一方面显示了如实空的特点，从本以来不与染法响应，另一方面显示了自性具足无边清净功德，二者表现了超越真心之肯定，而且是本有、真实、出现。生灭心是不离真如而现，所以含摄有本觉性--开展清净解脱的根据，和不觉性--开展杂染死活一切事象的本源。是以，理体与事相，理想与现实，杂染与清净都统一于一心中。

一心二门的思维模式表现出了不二与二的吊诡--不二而二，又同又异。一心正因本来不二，开出二门，即心真如门与心生灭门；依究竟不二的如来平等法身而有本觉之名，依此随即产生觉与不觉之分；心真如本来不二，依此而有离言真如与依言真如之分；依言真如原亦假名，但又许有如实空与如实不空之分；即使心生灭门也是如斯，分别净法熏习与染法熏习，如斯说明染净相资的现象。正因为这种不二而二的思维模式，所以觉与不觉的同异二相究竟平等不二，所以现实界所出现的各种差别，都是本然实居心源的表现，后来晒台的一色一香，无非中道、华严的事事无碍、禅宗的砍柴搬水，无非妙道都与这种一即一切，一切即一的宗旨相契合。

这种创造性的思维模式在中国哲学中具有重要意义，不只深深影响了后来的中国佛教，而且经由儒佛道三家的冲突与融合，经由过程禅宗与华严宗的传载，在本体论、心性论方面对宋代理学产生了深刻的影响。