朱熹哲学的核心是理。理是其哲学的起点和归宿，但它必须借助于气而做作，依气而安顿；物是理的表现和表象，是理借气而派生的。他说：

未有寰宇之先，毕竟也只是理。有此理，便有此寰宇；若无此理，便亦无寰宇，无人无物，都无该载了。有理，便有气风行，发育万物【《朱子语类》卷一，中华书局，1981年，1页。】。

在朱熹的哲学中，理不仅是宇宙万物的本原，而且是人类社会的最高原则。理不仅具有先天性，而且又是一个不变不动的清净之体，若理，则只是净洁空阔底世界，无形迹，他却不会做作【《朱子语类》卷一，3页。】。同时，理也是极好至善的事理【《朱子语类》卷一○○，2549页。】，在未发之前处于无形无言无位的绝对空静状态中，然则又包含着动静两端，在动静阴阳中涵蕴着万事万物【《朱子语类》卷九四，2369页。】。然则，在这种理的本体地位下，理为本，气为末。因为理虽然是绝对的一，然则气却分阴阳之气，生五行之质，阴阳五行化生万物【《朱子语类》卷一，9页。】，于是，统一的理在万事万物中却有各种不合的出现。

朱熹理与气的关系，与《起信论》中心真如门与心生灭门关系十分相似。尤其对于理的规定，更是心真如门相似。而且，朱熹同样引入了理一分殊，他说：

或问理一分殊，曰：圣人未尝言理一，多只言分殊。盖能于分殊中事事物物、头头项项分得其当然，然后方知理本一贯。不知分殊各有一理，而徒言理一，不知理一在何处？圣人千言万语教人，学者毕生从事，只是理会这个要得事事物物、头头件件各知其所当然，而得其所当然，只此就是理一矣【《朱子语类》卷二七，677～678页。】。

朱熹把太极作为宇宙的本体，太极是宇宙的普遍规律、万物的存在根据。一切万物都禀受此理以为性，以为体。万物之性虽然是分（禀受）自太极而来，但并不是分有了太极的一部分，因为每一物的性理与作为宇宙本体的太极是相同的，所以说万物之中各有太极。所以，这种理一分殊与《起信论》的心真如也是十分相似，万物都具备真如理，万物的真如是平等无差其余，所以能一多相摄，也就是理一分殊了。