在“莲师七句颂”之后，我们持诵十二字的“莲师心咒”。这个心咒乃是佛陀十二支法教的精髓所在。这十二个咒字能够清净十二因缘——此十二因缘使众生不断产生无明与痛苦，也与莲师在这个娑婆世界所示现的十二相成道互相辉映。这个咒语不仅是对莲师，也是对三宝、三根本及无量无数的寂静尊与忿怒尊来持诵。

“唵阿吽”这前三个咒字，代表着莲师相应于三身的三个面相——法身为阿弥陀佛;报身为观音菩萨;化身为莲师。“班杂”指的是莲师不变如金刚的智慧。“咕如”在梵文的意思是“相当具有重量的”，指的是上师功德的极大重量。它也意指着，我们遵循上师之开示所带来的极大利益，以及我们并未依止上师时，对自己与他人所造成的极大伤害。“贝玛”意思是莲花，指的是莲师的名号，以及他于莲花胚茎上的无瑕降生。“悉地”所指为世间的共同成就与出世间的无上成就，“吽”则是呼唤莲师，祈请他垂赐我们这些成就。

我们总共念诵十万次的“莲师七句颂”，以及一百三十万次的莲师心咒(为十二个咒字每个持诵十万次，再加上十万次的修补缺误)。你也可以选择较为简短地持诵咒语，如此则是四十万次的心咒持诵。

在所有的修持当中，上师相应法最为深义，但又毫无危险或风险。此处并没有于生起次第所需要的复杂而困难的坛城观想，也没有于圆满次第在做禅观时所牵涉到脉、气、拙火修持等的任何风险。不单如此，当我们正确无误地修持上师相应法时，一切生起次第与圆满次第的功德将自然生起。另一方面，若是缺乏对上师的虔诚，就算我们经年累月地修持生起次第与圆满次第，我们的修持绝对无法稳固，也不可能尝到任何成果。正如吉美·林巴上师所言：“对于上师生起信心，便是究竟的皈依。”

这段偈颂也是这么说的：

仅是忆念上师一瞬间，

便胜过以数百万年间，

持续修为本尊观修法：

向汝上师主尊来祈愿。

念诵上师名号仅一次，

便胜过念诵四部密续，

所有本尊之一切名号，

向汝上师主尊来祈愿。

心与上师相融一瞬间，

便胜数百年修静虑定，

或修百次圆满次第法：

向汝上师主尊来祈愿。

生起圆满二次第，

精髓在于虔诚心，

所有念诵之精髓，

则向上师来祈愿，

一切修法之精髓，

乃与上师心合一：

向汝上师主尊来祈愿。

顶礼尽虚空一切诸佛菩萨

愿以此功德普及于一切 我等与众生 皆共成佛道